"Соник 3" - это взрывная смесь научной фантастики и экшена, наполненная загадками и опасностями. Героям предстоит сразиться не только с инопланетными захватчиками, но еще и с темной стороной себя.
В самом центре сюжета находится Шэдоу - гибрид ежа и инопланетного существа, созданный доктором Роботником с помощью ДНК лидера зловещей расы Блэка Дума. Он обладает необычными способностями и является последним пазлом в многоуровневом проекте по созданию инновационного лекарства от смертельных болезней. Но за всей его красивой оболочкой скрывается злобный и надменный хищник, уверенный в своей непобедимости. Он не просто враг людей, он враг самого Соника и его несравненной скорости.
Цель профессора Роботника и Шэдоу на первый взгляд может показаться благородной и даже гуманной, но на деле она загадочна и опасна. Правительство воспринимает проект Тень как потенциально опасный, а самих его создателей обвиняют в недопустимых экспериментах и нарушении нравственных принципов. Но кто же остановит профессора Роботника и его безумные планы?
Спустя полвека после заключения, Шэдоу освобождается и превращается в черно-красного ежа - темную версию Соника. Но теперь он не столь жизнерадостен, а наоборот, полон злости и мести к людям. Кто же остановит его, если никто не сможет его одолеть? Сонику предстоит выйти на сражение с самым опасным и могущественным противником, чтобы защитить человечество и своего лучшего друга - Тэйлза.